Blog

Koronaposzt 3

2020-09-09, szerda

A mai rész tartalmából: – sajnos a múlt héten megtörtént velünk az, amire kitalálták a háztartási gén használatát a PCR teszteknél – álmintákat kaptunk egy magán öregotthonból- milyen innovatív módszerekkel próbálkoztunk a tesztelés során, amelyek végül kudarcba fulladtak- mi alapján adunk ki pozitív vagy negatív eredményt- a laboratóriumi analízisek akkreditációjáról rövidenEgy meg nem nevezett, országunkbeli magán öregotthon egészségügyi személyzete valószínűleg nem olvasta az előző posztomat, amiben leírtam, hogy mivel kontrolláljuk a mintafeldolgozást a laboratóriumban, a minta tisztításától a PCR-reakcióig: “… a PCR reakció szaporít olyan génszakaszt is, ami egy, emberi sejtekben megtalálható RNS-részlet jelenlétét mutatja ki. Ezt hívják jobb helyeken háztartási génnek: olyan emberi génszakasz, amely minden embernél gyakorlatilag ugyanaz, de nem található meg egy papayában vagy a szomszéd macska nyálában.“ Ha ez a jel hiányzik, vagy túl késői ciklusnál jelenik meg, akkor nem volt megfelelő a mintavétel, és a laboratórium sem pozitív, sem negatív eredményt nem adhat ki, hanem invalid lesz a kommunikált eredmény. No, a szóban forgó intézménynél úgy gondolhatták, hogy ha a mintavételi csőbe nem tesznek semmiféle humán anyagot, akkor biztos negatív lesz a minta, és el is küldtek nekünk 60 ilyen mintát, amelyből feldolgoztunk első körben 17-et. Hát sajnos tévedtek, mert mivel a minta hozzánk került, és nem egy olyan laborba, ahol nem kontrollálják a mintában lévő humán genetikai anyag mennyiségét, nem lett negatív az eredmény. Természetesen, amikor koronavírus-tesztre küldenek egy mintát valahonnan, akkor az alapfeltételezés az, hogy arra kíváncsiak, van-e vírus a páciens mintájában, és nem arra, hogy van-e páciens minta a páciens mintájában… Így ez jobb helyeken is igen durva csalásnak minősül, és ebből rendőrségi ügy is lett.

Kevés dolog bosszant fel jobban annál, mint amikor hozzá nem értő emberek hülyének néznek, és ennek egy súlyosan veszélyeztetett csoport látja kárát a nem megfelelő tesztelés miatt. No a lényeg, hogy 10-10 mintát elküldtünk két másik laborba, az egyik szintén invalidnak adta ki mind a 10 eredményt, míg a másik negatívnak, de ez utóbbi esetben olyan reagenseket használtak a PCR tesztnél, amelyben nem háztartási génnel ellenőrizték a procedúrát, hanem hozzáadták a belső kontrollt. Így az a laboratórium nem tudhatja, hogy milyen minőségű a levett minta. Ez a kellemetlen közjáték ismét megerősített minket abban, hogy mindenképp szükséges kontrollálni a minta minőségét, ha a laboratórium nem látja át a teljes folyamatot a mintavételtől a laboratóriumba kerülésig. A megfelelő mintavétel és szállítás legalább olyan fontos, mint a megfelelő mintafeldolgozás, és ez nem csak a koronavírus-tesztekre igaz, hanem általánosan mindenféle laboratóriumi tesztre.

A járvány elején, a lezárások közepette, rengeteg időnk volt agyalni azon, hogy fel tudjuk-e gyorsítani valahogy a mintafeldolgozást, vagy éppen kimutatni a vírust innen-onnan. Áprilisban jelentek meg közlemények, amelyek mesterségesen előállított pozitív mintákból ki tudták mutatni PCR-ral a vírus genetikai anyagát úgy, hogy átugrották a minta tisztítását, egy speciális folyadékot használva. Mi is nekiugrottunk ennek, hogy megnézzük valódi mintákon, lehetséges-e kimutatni a vírust így. Sajna nem sikerült, pedig nagyon jól megterveztük a kísérleteket: bizonyítottan pozitív páciensektől két mintát vettünk, egyet feldolgoztunk a hagyományos módon, a másikat mi is a közleményben leírt oldatba helyeztünk, és utána mehetett a PCR-ba. Míg a hagyományos módszerrel feldolgozott minta pozitív lett, ugyanazon páciens másik mintája negatív lett, és nem invalid, tehát a háztartási gén kimutatására jó ez a módszer, de a vírus kimutatására nemigen. Azóta is szkeptikusan állok hozzá a piacon megjelenő, ún. “extraction-free” kit-ekhez, amelyeket sok helyről ajánlottak már nekünk. El tudok képzelni olyan forgatókönyvet, ahol ez működhet, de a jelen pandémiában még van létjogosultsága a maximális érzékenységű PCR-teszteknek megfelelően tisztított mintákon, hogy minél kevesebb fertőzött személy csússzon át a rostán. A szürke zónáról: a tesztelés nem fehér vagy fekete. A PCR reakció késői ciklusaiban megjelenhetnek olyan jelek, amelyek nem specifikusak arra a génszakaszra, amit keresünk. Elfáradhat az enzim, több hibát vét ciklusonként, és egyéb génszakaszok is összekapcsolódhatnak, amiket aztán a rendszer megpróbál felszaporítani. Az ilyen jelek megjelenése esetén a legjobb stratégia, ha megismételjük a PCR reakciót – elég valószínűtlen, hogy a rendszer ugyanúgy véssen véletlenszerű hibát kétszer egymás után.

Az általunk használt PCR-kitnél azt figyeltük meg, hogy minél kisebb a mintában a vírus koncentrációja, annál valószínűbb, hogy csak az egyik csatornán kapunk jelet: az N gén szakaszára a legérzékenyebb ez a teszt. Amennyiben csak ezt a szakaszt látjuk, megismételjük a PCR reakciót, és ha ismét megjelenik az N gén jele, akkor pozitívnak adjuk ki a mintát, de megjegyezzük, hogy a másik két génszakaszt nem detektáltuk. Az esetek 80%-ában olyan pácienseknél látjuk csak az N gén jelét, akik már átestek a fertőzésen és újrateszteltetik magukat. Jelennek meg olyan, komolyan megalapozott szakmai vélemények is, amely szerint a PCR módszer túl érzékeny, és az alacsony vírusszámmal rendelkező pácienseket nem kellene ugyanolyan szigorúan kezelni, mint azokat, akiknek tele van vírussal a mintája. Ezzel részben egyet is tudok érteni, de mindenképp országos szintű protokoll kellene a helyzet megfelelő kezelésére, addig is minden laboratórium az érvényes protokoll szerint kell eredményeket kiadjon. A legjobb módszer az lenne, ha minden laboratórium közölné azt a ciklusszámot is, amelynél először megjelenik a vírus jele. Ez minél kisebb, annál több a vírus a páciens mintájában, és annál valószínűbb, hogy az a páciens fertőző. Így az epidemiológus vagy a kezelőorvos kontextusban tudná kezelni az adott pozitív eredményt: nagyon sok vírust tartalmazó minta esetén a páciensnél agresszívebb kontaktuskutatás kellene, míg nagy ciklusszámnál akár csak pár napos izoláció és újratesztelés lenne a megoldás: ha az újratesztelésnél nem nagyobb jelentősen a vírus koncentrációja (ugyanazon laboratórium ugyanazon módszerével mérve), akkor a tünetmentes pácienst hamarabb lehetne engedni a dolgára.Szintén áprilisban történt a másik kudarccal végződött próbálkozásunk – a sepsiszentgyörgyi városi szennyvízből próbáltuk (szintén publikációk alapján) kimutatni a koronavírus genetikai anyagát. Mint arra később rájöttünk, ez valószínűleg azért nem sikerült, mert nagyon durván be kell töményíteni a szennyvizet ahhoz, hogy kimutatható legyen a vírus, több liter szennyvízből pár milliliter oldat kell legyen a végére, amelyet aztán tisztítani lehet a PCR-hoz. A laboratóriumunknak még nincs meg a megfelelő felszerelése ahhoz, hogy ezt véghez tudja vinni, de például Magyarországon már jól működő szennyvízmonitorizáló rendszer jött létre a nyári hónapok során, amely kb 1 héttel azelőtt jelzi az esetszámok növekedését, hogy a statisztikában azok látszódnának. Ha van valakinek kedve ezzel foglalkozni, szívesen vesszük .

Aki már látott általunk kiadott SARS-CoV-2 PCR eredményt, az tudja, hogy van rajta egy disclaimer, miszerint az adott analízis nem akkreditált a nemzeti akkreditációs szerv által (ez lenne a RENAR). Mielőtt mindenki arra gondolna, hogy akkor ez az analízis semmit sem ér, halkan megjegyzem, hogy nincs az országban még olyan laboratórium, amelyik akkreditálni tudta volna ezt az analízist, abból az egyszerű okból kifolyólag, hogy nem telt el annyi idő a járvány kitörése óta, hogy egy bonyolult akkreditációs folyamatot végig lehessen vinni. Ehhez ugyanis többek között kellenek olyan standardizált ún. külső kontroll-sémák, amelyeken részt vesz a laboratórium, és megfelelő eredményeket ér el rajta (pl. a séma keretében kapott pozitív és negatív mintákat megfelelően azonosítja), na de még ilyen külső kontroll-sémák sem léteznek, amelyeket használni lehetne, mert azokat is akkreditálni kell. Más okokból is dönthet úgy egy laboratórium, hogy az analízisek egy részét nem akkreditálja, de ez nem jelenti azt, hogy azok az analízisek nincsenek megfelelően elvégezve. Van, hogy anyagi okokból nem éri meg ISO minőségbiztosítási rendszerben akkreditálni egy analízist, de van olyan is, hogy a laboratórium több módszerrel el tud végezni egy analízist, és ebből csak egyet akkreditál. Ami az egész akkreditációs procedúrát illeti, azt kell még tudni erről, hogy pl. Magyarországon pár éve megszüntették a nemzeti akkreditációs testületet, mert ott más a kórházak és laboratóriumok minőségbiztosítási ellenőrzési politikája.A következő részben sorra veszek pár koronavírusos fake newst és megpróbálom legjobb tudásom szerint cáfolni. Végül is ezek a cáfolatok már elérhetők megfelelő oldalakon, na de hátha tudok valakinek újat mondani.